重点实验室不仅拥有完备的室内科研设备平台，而且与依托单位中国水产科学研究院南海水产研究所三个试验站和海上实验船队一起形成了从海上调查和采样、室内实验分析、临海实验站实验和产业化中试基地结合配套的研究设施配套格局。

　　目前实验室独立及整合依托单位资源已建成了完整的室内实验与分析平台、野外采样和调查平台以及临海观测与野外中试平台三个大的公用平台。其中室内实验室拥有多台大型仪器设备；临海观测与野外中试平台分别分布于深圳和三亚；野外采样和调查平台包括一条两千吨级科考船，这些平台可以满足实验室科研项目的实际需要。

　　（1）室内试验和分析平台

　　实验室拥有1000多平方米的实验和办公场地，1建立了海洋生态学实验室、海洋分子生物学实验室、微生物学实验室、卫星遥感实验室以及标本馆等功能齐备的实验操作和研究平台。

　　（2）临海实验观测和野外中试平台

　　本实验室拥有3个野外观测和中试基地，分别是深圳实验基地、热带水产研究开发中心和花都实验基地。除了本实验室相关课题组使用这些临海试验站作为观测基地和野外试验基地与中试平台外，国内海洋和渔业科学相关研究单位也大量来这里进行大量研究和调查。

　　（3）野外采样和调查平台

　　本实验室依托单位中国水产科学研究院南海水产研究所具有完整的海上作业和研究的船队，现有“南锋”号海洋渔业科考船，它是我国第一艘自行设计、自行建造，拥有自主知识产权的综合性海洋渔业科考船，也是目前亚洲吨位最大具备国际先进水平的渔业科考船。总长66.66M，排水量1980T，主机马力1920KW，续航力8000NM，自持力60昼夜，定员45人。“南锋”号科考船2010年投入使用以来，先后圆满完成了西沙群岛附近海域大洋性头足类资源调查、中越北部湾口划界的渔业资源状况调查、南海西南部大陆架斜坡区渔业资源环境调查、南海渔业资源调查与评估等科考任务。