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南海所完成卵形鲳鲹基因组染色体图谱绘制

撰写时间:2019-10-24 [来源:南海水产研究所 ]

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中国水产科学研究院南海水产研究所联合院生物技术研究中心,成功破译卵形鲳鲹基因组,绘制完成卵形鲳鲹基因组染色体图谱,为深度解析卵形鲳鲹重要经济性状的遗传基础,深入开展基因组选择育种和分子设计育种等工作奠定了基础。该研究成果于10月22日正式在Scientific Data杂志(IF=5.9)发表。全文链接:https://www.nature.com/articles/s41597-019-0238-8

卵形鲳鲹基因组染色体图谱绘制研究论文以南海水产研究所张殿昌研究员、郭梁助理研究员、郭华阳助理研究员、朱克诚副研究员为共同第一作者,张殿昌研究员和李炯棠研究员为共同通讯作者。该研究先后获得国家海水鱼类产业技术体系、国家重点研发计划、中国-东盟海上合作基金等项目支持。

卵形鲳鲹俗称金鲳,具有生长快、肉质鲜美、全程可摄食人工配合饲料、养殖周期短和适合深水抗风浪网箱养殖的特点,是拓展深远海养殖的重要品种之一,目前是我国海南、广东和广西深水抗风浪网箱养殖的主要品种。随着其养殖规模的不断扩大,种质退化、病害频发等问题逐渐显露。

研究团队利用第二、三代测序和Hi-C染色体构象捕获技术,构建了卵形鲳鲹染色体水平的基因组图谱,研究揭示卵形鲳鲹基因组大小为655 Mb,contig N50和scaffold N50分别达到1.80 Mb和5.05 Mb,利用Hi-C技术成功将99.4%的组装序列挂载到24条染色体上,染色体平均长度为26.84 Mb,鉴定出21915蛋白编码基因。多种指标表明,该基因组图谱具有高可靠性。比较基因组分析卵形鲳鲹基因组与近缘物种基因组具有高度共线性和保守性。



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